在爆发了第三次忍界大战后，自来也以木叶忍者之姿和纲手、大蛇丸联手参与战斗任务，并在这次的战斗后得到了“木叶三忍”的名号。而归途中，自来也因故收了三位战争孤儿为徒弟，而这三位徒弟在日后却引起了相当大的波澜……